Existen varios programas para crear caricaturas animadas, pero la mayoría o son comerciales o son shareware.  A continuación les  voy a comentar sobre tres programas  de este tipo de fuente abierta. 

Pencil 

Con este programa podemos crear gráficos vectoriales y bitmaps.  Es muy intuitivo y cuenta con varias herramientas poderosas de edición y animación, digamos que es una mezcla de Photoshop básico con Flash.  Tiene versiones para Mac, Windows y Linux.

Synfig

Este software es mucho más completo que el anterior y con él se pueden realizar verdaderas obras de arte. Eso si, con la mejor calidad del producto, tendrá mucho que ver la habilidad del programador que la diseñe.  No es tan facil como Pencil y el proceso de aprendizaje es mucho más largo.  Tiene herramientas mucho más complejas, lo que nos permite crear animaciones de calidad.  Al igual que Pencil, existen versiones para Mac, Windows y Linux.

Por último les quiero nombrar a CreaToon

Creatoon es el más básico de estos tres programas y nos permite utilizar gráficos vectoriales y bitmaps.  Crea animaciones 2D que se pueden ver a medida que las vamos creando.  Con este programa no vamos a crear una película de caricaturas profesional, como lo podríamos hacer con Synfig, pero tampoco son tan malas.  Digamos que para un usuario que recien comienza en esto, Creatoon es el software ideal.  Este programa ya no va a ser actualizado, por lo que no prestan más soporte técnico.  Para usarlo, deben descargar también el unlock.zip  de la misma página de descargas.  En la sección Tips & Tricks tienen varios tutorials animados que los ayudará a dar los primeros pasos con este programa.